%% Copyright 2019 Matheus H. J. Saldanha <mhjsaldanha@gmail.com>
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\documentclass[12pt,a4paper]{article}
% Pacotes para o português.
\usepackage[brazilian]{babel}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{graphicx}     % Comando \includegraphics
\usepackage{xcolor}       % Comando de cores \textcolor
\usepackage{indentfirst}  % Indenta o primeiro parágrafo de cada seção
\usepackage{url}          % Comandos \url e \href
\usepackage[top=2cm, bottom=2cm, left=2cm, right=2cm]{geometry} % Define as margens do documento
\usepackage{multirow}     % Permite criar tabelas com uma célula ocupando várias linhas
\usepackage{amssymb}      % Símbolos matemáticos
\usepackage{amsmath}      % Ambientes para escrever fórmulas, \begin{align} por exemplo.
\usepackage{caption}      % Para definir o estilo das legendas de figuras e tabelas.
\usepackage{setspace}     % Para definir espaçamento entre linhas. (\onehalfspacing, \singlespacing, \doublespacing)
\usepackage{breakcites}   % Para permitir quebra de linha no meio de citações.
\usepackage{times}        % Fonte Times New Roman
\usepackage{lipsum}       % Para gerar texto temporário. Exemplo: \lipsum \lipsum[1] \lipsum[4-5].
\usepackage{inconsolata}  % Fonte boa para códigos e URLs. Use \texttt{}
\usepackage{hyperref}     % Faz os links ficarem azuis e clicáveis. Facilita a navegação pelo PDF.
\makeatletter
\hypersetup{
	pdfkeywords={research project},
	colorlinks=true,       		% false: boxed links; true: colored links
	linkcolor=blue,          	% color of internal links
	citecolor=blue,        		% color of links to bibliography
	filecolor=magenta,      	% color of file links
	urlcolor=blue,
	bookmarksdepth=4,
}
\makeatother
\makeatletter
\renewcommand\tableofcontents{%         % Redefine table of contents to our taste
    \section*{\huge\centering\contentsname
        \@mkboth{%
           \MakeUppercase\contentsname}{\MakeUppercase\contentsname}}%
           \vspace{24pt}%
    \@starttoc{toc}%
    \newpage%
}
% Comando para marcar o texto para revisão.
\newcommand{\rev}[1]{\textcolor{red}{#1}}
% Permite escrever aspas normais "text" em vez de ``text''
\usepackage[autostyle]{csquotes}
\MakeOuterQuote{"}
\begin{document}
\doublespacing
\begin{titlepage}
    \begin{center}
        {\large \sc UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO} \\
        {\large \sc INSTITUTO DE CIÊNCIAS MATEMÁTICAS E DE COMPUTAÇÃO}\\[0.7cm]
        {\small \sc DEPARTAMENTO DE SISTEMAS DE COMPUTAÇÃO}
        
        \vspace{4cm}
        % Título.
        {\large \sc Projeto de Pesquisa FAPESP}\\
        \rule{\linewidth}{2pt}
        
        \vspace{0.7em} % Ajuste ao seu gosto
        {\Large \bfseries Template para Projetos de Pesquisa Submetidos à Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo}
        \vspace{0.2em} % Ajuste ao seu gosto
        
        \rule{\linewidth}{2pt} \\
        {\small \sc Linha de Fomento: Bolsa no País - Regular - Iniciação Científica}
    \end{center}
    
    \vspace{2.8cm}
    % Assinaturas
    \begin{minipage}{0.43\textwidth}
        \emph{Candidato:}\\[2.08cm]
        \rule{0.9\linewidth}{0.3mm}\\
        Matheus Henrique Junqueira Saldanha
    \end{minipage}
    \hspace{1cm}
    \begin{minipage}{0.43\textwidth}
        \emph{Orientador:}\\[2.08cm]
        \rule{0.9\linewidth}{0.3mm}\\
        Paulo Sérgio Lopes de Souza
    \end{minipage}
    \vfill
    % Data
    \begin{center}
        \makeatletter
        São Carlos, SP \\
        \@date
        \makeatother
    \end{center}
\end{titlepage}
\pagestyle{empty}
\begin{center}
    {\bf \huge Resumo} \\[3em] % Dá um pulo de cerca de 3 linhas
\end{center}
\input{text/resumo.tex}
\noindent{}
\newpage
\pagestyle{empty} % Não numera a página
\tableofcontents
\newpage
\setcounter{page}{1}
\pagestyle{plain} % Agora passa a numerar as páginas
\section{Introdução}
\label{section:introducao}
\input{text/introducao.tex}
\section{Problema da Predição de Estruturas de Proteínas}
\label{section:problemapsp}
\input{text/problemapsp.tex}
\section{Arquiteturas e Modelos de Programação Paralela}
\label{section:hpc}
\input{text/hpc.tex}
\section{Trabalhos Relacionados}
\label{section:trabrelacionados}
\input{text/trabrelacionados.tex}
\section{Objetivos}
\label{section:objetivos}
\input{text/objetivos.tex}
\section{Metodologia}
\label{section:metodologia}
\input{text/metodologia.tex}
\newpage
\bibliographystyle{apalike}
\bibliography{bibliography.bib}
\end{document}